Garnacho đã trải qua 6 tháng khó khăn tại MU khi anh mâu thuẫn với HLV trưởng Ruben Amorim. Tiền vệ này đã bị loại khỏi đội hình của MU trong trận derby Manchester vào tháng 12 khi Amorim cho rằng thái độ cũng như màn trình diễn của anh và Marcus Rashford trong tập luyện là không đủ tốt.
Garnacho dường như đã phản ứng tốt hơn và nhanh chóng trở lại đội một, trong khi Rashford gia nhập Aston Villa theo dạng cho mượn vào tháng 1. Tuy nhiên, Garnacho chỉ là cầu thủ dự bị trong giai đoạn cuối mùa giải và anh chỉ có thể vào sân từ băng ghế dự bị trong trận thua ở chung kết Europa League.
Garnacho đã chỉ trích Amorim và mùa giải thảm hại của MU sau trận đấu này và có thông tin được tiết lộ rằng anh đã được HLV Amorim yêu cầu "tìm một CLB mới". Rõ ràng đã có một cuộc xung đột giữa Garnacho và Amorim, với việc chuyển nhượng vào mùa hè là kết quả phù hợp cho tất cả các bên.
Mặc dù Garnacho có nhiều tiềm năng, nhưng màn trình diễn của anh rất tệ trong mùa giải 2024/25. Anh không phù hợp với hệ thống của Amorim khi gặp khó khăn trong vai trò số 10.
MU đã mở cửa cho Garnacho ra đi vào tháng 1 và anh đã được Napoli theo đuổi khi họ cố gắng thay thế Khvicha Kvaratskhelia. Vụ chuyển nhượng này không thành công, nhưng Napoli vẫn là một bến đỗ tiềm năng với Garnacho, người cũng đã được liên hệ với Bayer Leverkusen.
Chuyên gia chuyển nhượng Fabrizio Romano đã không nêu tên các đội Premier League đã "gọi điện" cho Garnacho, nhưng ông khẳng định có 3 đội bóng Anh "rất muốn" có cầu thủ trẻ này.
Romano đã tweet: "Alejandro Garnacho sẽ rời MU, quyết định đã được xác nhận từ phía cầu thủ và CLB – sẵn sàng chia tay. Việc ở lại Premier League là một lựa chọn nghiêm túc với 3 CLB rất muốn có sự phục vụ của anh... sau khi Bayer Leverkusen và các CLB Italia cũng liên hệ".